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與保稅區(qū)有所不同，從區(qū)外運(yùn)往保稅物流園區(qū)的貨物視同出口，在出口報(bào)關(guān)后，海關(guān)即可根據(jù)實(shí)際情況簽發(fā)出口貨物報(bào)關(guān)單退稅證明聯(lián)。
海關(guān)簽發(fā)出口貨物報(bào)關(guān)單退稅證明聯(lián)的具體規(guī)定是這樣的：
1.從區(qū)外進(jìn)入園區(qū)企業(yè)開展業(yè)務(wù)的國(guó)產(chǎn)貨物及其包裝物料，簽發(fā)出口貨物報(bào)關(guān)單退稅證明聯(lián)；貨物經(jīng)園區(qū)轉(zhuǎn)關(guān)出口的，啟運(yùn)地海關(guān)在收到園區(qū)主管確認(rèn)轉(zhuǎn)頭貨物已進(jìn)入園區(qū)的電子回執(zhí)后，簽發(fā)出口貨物報(bào)關(guān)單退稅證明聯(lián)。
2.從區(qū)外進(jìn)入保稅物流園區(qū)供園區(qū)行政管理機(jī)構(gòu)及其經(jīng)營(yíng)主體和園區(qū)企業(yè)使用的國(guó)產(chǎn)的基建物資、機(jī)器、裝卸設(shè)備等，貨物報(bào)關(guān)后，海關(guān)簽發(fā)出口貨物報(bào)關(guān)單退稅證明聯(lián)。
3.從區(qū)外進(jìn)入保稅物流園區(qū)供行政管理機(jī)構(gòu)及其經(jīng)營(yíng)主體和園區(qū)企業(yè)使用的生活消費(fèi)用品、辦公用品、交通運(yùn)輸工具等，海關(guān)不予簽發(fā)出口貨物報(bào)關(guān)單退稅證明聯(lián)。
4.從區(qū)外進(jìn)入園區(qū)原進(jìn)口的貨物、包裝物料、設(shè)備、基建物資等，海關(guān)不予簽發(fā)出口貨物報(bào)關(guān)單退稅證明聯(lián)，原已繳納的關(guān)稅、進(jìn)口環(huán)節(jié)增值稅和消費(fèi)部不予退還。
5.園區(qū)與海關(guān)特殊監(jiān)管區(qū)域、保稅監(jiān)管場(chǎng)所之間往煌貨物，實(shí)行保稅監(jiān)管，海關(guān)不予簽發(fā)出口貨物報(bào)關(guān)單退稅證明聯(lián)。但貨物從未實(shí)行國(guó)內(nèi)貨物入?yún)^(qū)（倉(cāng)）環(huán)節(jié)出口退稅制度的海關(guān)特殊監(jiān)管區(qū)域或者保稅監(jiān)管場(chǎng)所轉(zhuǎn)入園區(qū)的，按照貨物實(shí)際離境的有關(guān)規(guī)定辦理申報(bào)手續(xù)，由轉(zhuǎn)出地海關(guān)簽發(fā)出口貨物報(bào)關(guān)單退稅證明聯(lián)。
6.園區(qū)貨物運(yùn)往區(qū)外維修，在區(qū)外更換國(guó)產(chǎn)零配件或者附件，如需退稅，由園區(qū)企業(yè)或者區(qū)外企業(yè)提出申請(qǐng)，保稅物流園區(qū)主管海關(guān)按照出口貨物的有關(guān)規(guī)定辦理，并簽發(fā)出口貨物報(bào)關(guān)單退稅證明聯(lián)。
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